昆山市中医医院创立于1985年1月，是一家集医疗、教学、科研、康复、预防、保健为一体的现代化综合性三级医院，医院建筑面积13万平方米，编制床位982张，在职职工1672人，其中高级职称353名，硕、博士研究生256名，硕、博士生导师12名，省级以上专业委员会委员211名，全国500名老中医药专家郑绍先学术经验继承人3名、国家中医药管理局中医药外向型优秀骨干人才1名、全国基层名老中医专家传承工作室指导老师1名、江苏省老中医药专家学术经验传承工作指导老师1名、国家中医药知识科普宣讲专家1名、江苏省名中医3名、江苏省中医药领军人才培养对象1名、江苏省优秀中青年中医临床人才1名、江苏省“333工程”第三层次培养对象4名、江苏省“六大人才高峰”高层次人才1名、江苏省双创博士项目资助对象1名、苏州市姑苏重点人才1名、苏州市姑苏青年拔尖人才2名、苏州市“全国导师制”培养对象6名、昆山市名（中）医22名。
医院是江苏省中医临床研究院昆山分院，南京中医药大学附属医院，上海中医药大学、山东中医药大学、安徽中医药大学、扬州大学教学医院，上海中医药大学国际教育基地。医院挂牌设立国医大师周仲瑛、夏桂成以及全国名中医徐福松、单兆伟、刘沈林昆山传承工作室，并设立郑氏妇科、闵氏伤科、脾胃病、肺病、皮肤病、肝病等 6大院内名老中医传承工作室。脾胃肝胆科引进上海长海医院李兆申院士消化疾病科专家团队、肾病内科引进上海瑞金医院陈楠院士肾病内科专家团队、肺病科引进复旦大学附属中山医院白春学教授呼吸内科专家团队获得苏州市“临床医学专家团队”引进A类项目。
医院拥有3.0T核磁共振、1.5T核磁共振、直线加速器等大型医疗设备。西部医疗中心一期项目稳步推进，二期项目成功列入2020年全市重点工作（实事工程），整体建筑面积31.9万㎡，预计于2021年底整体搬迁。建有胸痛中心、卒中中心、创伤中心、危重孕产妇救治中心、危重新生儿救治中心，胸痛中心在江苏省中医系统内通过国家认证，卒中中心加入国家联盟。医院拥有国家临床重点专科（中医专业）建设单位1个（脾胃肝胆科），国家中医药管理局临床重点专科1个（脾胃肝胆科），江苏省中医药重点学科1个（脾胃肝胆科），江苏省中医重点专科4个（妇产科、骨伤科、急诊科、肿瘤科），苏州市医学重点学科1个（康复科），苏州市中医重点专科4个（康复科、肺病科、心血管内科、肛肠科），苏州市中医重点专科建设单位2个（肾病科、泌尿外科），昆山市医学重点专科3个（内分泌科、泌尿外科、治未病科），昆山市医学重点专科建设单位2个（检验科、麻醉科）。郑氏妇科疗法、闵氏伤科疗法为江苏省非物质文化遗产。医院启用制剂生产与研发中心占地面积1.2万平方米，拥有取得批准文号的医院制剂102种，其中中药制剂88个品种，“胃炎Ⅰ号”曾被中央电视台《中华医药》栏目收录。